1- سوره های انتخاب شده برای دوره راهنمایی بسیار سنگین است و این مسئله منجر به دین گریزی فراگیران می شود.

2- کتاب قرائت با کتاب مفاهیم هم خوانی ندارد.

3-   کتاب قبلی با توجه به لغات و ترکیبات و تمرین و یادگیری و درک معانی بسیار آسان بود.

4- معلمان برای تدریس دو کتاب سردر گم هستند و بعضی از همکاران خودشان هم در روان خوانی مشکل دارند.

5- بهتر است انتخاب درس های قرآن تلفیقی از کتاب دینی و عربی باشد.

6- گنجاندن قواعد در کتاب عربی و قرآن هماهنگی ندارد.

7- جهت سهولت در کار معلم و دانش آموزان بهتر است دو کتاب یکی شود.

8- دو ساعت برای تدریس این کتاب بسیار کم است.

9- جهت احترام به قرآن کریم در پایان سال کتاب های قرآن جمع آوری و تدبیری صورت گیرد تا از دور ریختن کتاب ها جلوگیری شود.

10- تمرین ها در کتاب تمرین متنوع و جذاب شود.

11-اطلاعات قرآنی و جذابیت های آن افزایش یابد.

12-از تصاویر زیبا و جذاب استفاده شود تا دانش آموز علاقه مند شود.

13- از داستان های قرآنی و مطالب علمی بیشتر استفاده شود .

خواندن سوره ها در خانه به دلایل زیادی امکان پذیر نیست از جمله:

-    عدم انگیزه دربعضی از والدین و دانش آموزان

-    عدم نظارت پدر و مادر بر درس ها

-    اهمیت ندادن به مباحث دینی در بعضی خانواده ها

-    بی سواد بودن والدین

15-10 جزء سوم برای اول 10 جزء وسط برای دوم 10 جزء اول برای سوم پیشنهاد می شود.

16- اشکالات موجود به این دلیل است که کارشناسی لازم در تألیف کتب درسی صورت نگرفته است.

17-قرآن جدید جذابیت خوبی برای فراگیران ندارد و خسته کننده است.

18- بیشتر همکاران معتقدند افرادی که در تألیف کتب دست دارند خود باید در کلاس درسی تجربه داشته باشند.

19- به شأن نزول و معانی آیات به صورت مختصر توجه شود.

20- پیشنهاد می شود که در هر مدرسه جلسه ای با والدین برگزار شود و بر خواندن قرآن در منزل(بالا بردن سطح فرهنگ دینی خانوار) تأکید شود.

21- سی دی آموزشی و امکانات سمعی و بصری قبل از مهر ماه در مدارس حاضر باشد

22- قواعد تجویدی ساده و هماهنگ با کتاب عربی گنجانده شود.

23- بعضی همکاران از مدیران شکایت دارند که کامپیوتر در اختیار معلم قرآن قرار نمی دهند و برای قرآن اهمیت قائل نیستند.

24- پایه ریزی آموزش قرآن باید از دوره ابتدایی باشد و در دوره راهنمایی و متوسطه ادامه یابد.

25- به نظر می رسد هدف اتمام قرآن در دوره راهنمایی است و نه یادگیری دانش آموزان بدین منظور باید به کیفیت توجه شود نه کمیت..

26- استادانی که در کلاس های ضمن خدمت تدریس می کنند، متأسفانه مجرب نیستند و توانایی آنان ضعیف است.

27- اگر هدف روخوانی و قرائت است کتاب مفاهیم کلاً حذف گردد.